Die Fraunhofer-Gesellschaft zur Förderung angewandter Forschung e.V., seit mehr als 65 Jahren erfolgreicher Anbieter von Forschungs- und Entwicklungsdienstleistungen, beauftragte im Jahr 1980 die Professoren Wilfried König, Manfred Weck, Tilo Pfeifer und Walter Eversheim mit dem Aufbau des Fraunhofer-Instituts für Produktionstechnologie IPT, dessen Leitung Professor Fritz Klocke 1995 von seinem Vorgänger, Wilfried König, übernahm. In den Jahren 2002 bis 2004 fand ein weiterer wichtiger Generationenwechsel statt: Die Professoren Günther Schuh, Christian Brecher und Robert Schmitt traten mit großem Engagement die Nachfolge ihrer nun emeritierten Vorgänger Walter Eversheim, Manfred Weck und Tilo Pfeifer an. Zum 1.1.2018 übernahm Professor Christian Brecher die Institutsleitung von Professor Fritz Klocke.
Zum Ausbau des Technologietransfers zwischen dem europäischen und amerikanischen Markt kooperiert das Fraunhofer IPT seit 1994 mit dem Fraunhofer Center for Manufacturing Innovation CMI in Boston/USA, das Professor Andre Sharon seit 1998 leitet. Der Standort USA fördert die internationale Zusammenarbeit und intensiviert den Kontakt zu Kunden in den USA.
Die Fraunhofer-Projektgruppe Entwurfstechnik Mechatronik wurde 2011 als Institutsteil des Fraunhofer IPT in Paderborn gegründet und ist seit Anfang 2016 unter der Leitung von Professor Ansgar Trächtler als Fraunhofer-Einrichtung für Entwurfstechnik Mechatronik IEM eigenständig.
Seit Ende 2019 wirkt das Fraunhofer IPT im Rahmen des geförderten Projekts »FoFeBat«, das durch das BMBF und das Land Nordrhein-Westfalen gefördert wird, am Auf- und Ausbau der Fraunhofer-Einrichtung Forschungsfertigung Batteriezelle FFB in Münster mit.